長崎大学薬学部は、2000年に日蘭交流400周年を迎えるにあたり、プロジェクトチームを組み、長崎出島を中心とした長崎薬学史を調査研究し、400周年の記念行事として「出島のくすり」展覧会を2000年に開催しました。

展示内容や長崎薬学史の調査結果は、「出島のくすり」、「出島の科学」として、九州大学出版会より刊行されているほか、HPにも掲載されています。

2015年（平成27年）10月に旧佐古小学校と旧仁田小学校の統合時における佐古小学校跡地での仁田佐古小学校の建設工事に際し，「小島養生所」と「分析窮理所」の遺構が発掘され、2021年（令和３年）３月に遺構の整備が完了いたしました。

遺構整備の際，長崎大学薬学部および長薬同窓会は，長崎大学医学部・長崎医学同窓会，長崎大学病院，長崎市の関係者と議論し，分析窮理所の歴史的価値や位置づけを再確認した上で，長崎大学薬学部の起源であると結論づけられました。

坂本キャンパスは長崎大学薬学部の前身である長崎医科大学附属薬学専門部があった場所であり，1945年（昭和20年）８月９日11時２分に原爆被災により校舎が破壊された為，佐賀市の多布施校舎，諫早市の小野島校舎，長崎市の片淵校舎（経済学部別館借用校舎），昭和町校舎，文教町校舎へと移転をしてきた

1865年に開業した老舗の片峰薬局（長崎市船大工町）で、実際に使用・保存されていた百味箪笥や掛看板などの貴重な歴史的資料の寄贈を受けて、本学所蔵の資料と併せて展示するために、「お薬の歴史資料館」を2006年に開設されました。

薬学部２階に資料館があります。

平成27年に125周年記念事業が行われました